منبع انوار حکمت و معدن احکام الهى
بدین جهت که این امام همام دریاى دانش را شکافت و اسرار علوم را آشکارا ساخت، لقب حضرت باقر یا باقرالعلوم را دارا است، نام مبارک امام پنجم محمد بود و القاب دیگرى مانند شاکر و صابر و هادى نیز براى آن حضرت ذکر کرده اند، که هریک بازگوینده صفتى از صفات آن امام بزرگوار بوده است.
دوران امامت امام محمد باقر ( ع ) از سال ۹۵ هجرى که سال درگذشت امام زین العابدین ( ع ) است آغاز شد و تا سال ۱۱۴ ه . یعنى مدت ۱۹ سال و چند ماه ادامه داشته است. در دوره امامت امام محمد باقر ( ع ) و فرزندش امام جعفرصادق ( ع ) مسائلى مانند انقراض امویان و بر سر کار آمدن عباسیان و پیدا شدن مشاجرات سیاسى و ظهور سرداران و مدعیانى مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانى و دیگران مطرح است بدین جهت امام محمد باقر ( ع ) و پس از وى امام جعفر صادق ( ع )از موقعیت مساعد روزگار سیاسى , براى نشر تعلیمات اصیل اسلامى و معارف حقه بهره جستند، و دانشگاه تشیع و علوم اسلامى را پایه ریزى کردند .محضر امام باقر ( ع ) مرکز علماء ودانشمندان و راویان حدیث و خطیبان و شاعران بنام بودهمانطور که امام سجاد ( ع ) با زبان دعا و مناجات یادآورى از مظالم اموى و امر به معروف و نهى از منکر را می کرد امام باقر ( ع ) با تشکیل حلقه هاى درس , زمینه این امر مهم را فراهم نمود و مسائل لازم دینى را براى مردم روشن فرمود .بارى , امام باقر علیه السلام منبع انوار حکمت و معدن احکام الهى بود .بنا به روایاتى که نقل شده است , در هیچ مکتب و محضرى دانشمندان خاضع تر و خاشع تر ازمحضر محمد بن على ( ع ) نبوده اند .امام باقر ( ع ) نیز چون زمینه قیام مسلحانه در آن زمان – به علت خفقان فراوان و کمبود حماسه آفرینان – فراهم نبود , از این رو , نشر معارف اسلام و فعالیت علمى را و هم مبارزه عقیدتى و معنوى با سازمان حکومت اموى را , از این طریق مناسب ترمی دید , و چون حقوق اسلام هنوز یک دوره کامل و مفصل تدریس نشده بود , به فعالیت هاى ثمر بخش علمى در این زمینه پرداخت .اما بدین خاطر که نفس شخصیت امام و سیر تعلیمات او – در ابعاد و مرزهاى مختلف – بر ضرر حکومت بود , مورد اذیت و آزار دستگاه قرار میگرفت .در عین حال امام هیچگاه از اهمیت تکلیفى شورش ( علیه دستگاه ) غافل نبود .
سرانجام در هفتم ذیحجه سال ۱۱۴ هجرى در سن ۵۷ سالگى در مدینه به وسیله هشام مسموم شد و چشم از جهان فروبست .
پیکر مقدسش را در قبرستان بقیع – کنارپدر بزرگوارش – به خاک سپردند .